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フリーランスエンジニア1年目の確定申告で20万円の誤算をした話【体験談・反省】

独立して初めての確定申告を終えた日、私は思いました。「もっと早く勉強しておけばよかった」と。

SEねぐです。個人事業主3年目のフリーランスエンジニア。1年目の確定申告で約20万円の予想外出費が発生しました。貯金があったから乗り越えられましたが、準備していなければ本当に困っていたと思います。この記事では、同じ失敗をしてほしくない一心で、1年目の確定申告でやってしまったことをすべて正直に書きます。

フリーランスエンジニア1年目の確定申告で20万円の誤算をした話【体験談・反省】
この記事でわかること
  • 会社員とフリーランスで税金の仕組みがこれだけ違う
  • 1年目の確定申告で詰まった3つのポイント(実体験)
  • 20万円の誤算が生まれた原因と防ぎ方
  • 2年目から実践している「税金を予測して先に積む」習慣
  • やよいの青色申告オンラインを使ってみた感想

会社員とフリーランスで税金の仕組みがこれだけ違う

会社員時代、税金のことをほとんど考えたことがありませんでした。給与から自動的に引かれているから、何がいくら引かれているかを意識する機会がなかった。独立してはじめて、「自分で払う税金」と向き合うことになりました。

フリーランスが自分で払う主な税金は4種類です。所得税・住民税・国民健康保険料・国民年金。会社員時代は健康保険料を会社と折半していましたが、独立後は全額自己負担。さらに住民税は前年の収入をもとに翌年6月に一括請求されます。

項目 会社員 フリーランス
所得税 毎月源泉徴収・年末調整で精算 確定申告で自分で計算・納付
住民税 毎月給与天引き 翌年6月に一括請求
健康保険 社会保険(会社と折半) 国民健康保険(全額自己負担)
年金 厚生年金(会社と折半) 国民年金(全額自己負担)
確定申告 基本不要(年末調整) 毎年2月16日〜3月15日に必須

この違いを頭では理解していたつもりでしたが、実際に請求書が届いてはじめて「思ったより高い」という現実に直面しました。特に住民税は独立1年目に「前年(会社員時代)の収入に対する住民税」が翌年6月に一気に来るため、収入が増えていたとしても手元のお金がごっそり減る感覚があります。

1年目の確定申告で詰まった3つのポイント

実際に確定申告作業を始めてみると、わからないことだらけでした。エンジニアとしてシステムの仕様書は読み慣れていますが、税務の書類は別物です。特に詰まったのは以下の3点です。

① 住宅ローン控除の計算方法

注文住宅を会社員のうちに購入していたため、初年度は税務署での手続きが必要でした。控除額の計算方法・添付書類の種類・確定申告書への記入箇所が複雑で、何度も調べ直しました。「住宅ローン控除は会社員でも2年目からは年末調整でできる」という知識はあっても、フリーランスになった場合の取り扱いが異なることを理解するまでに時間がかかりました。

② 勘定科目の判断

経費を帳簿に入力する際、どの勘定科目に分類するかで迷いました。通信費・書籍・資格受験料・ソフトウェア利用料などを計上しましたが、「これは消耗品費?それとも研修費?」という判断に毎回時間がかかりました。間違えても税務署から指摘が来るわけではありませんが、正確に処理したいという気持ちが逆に作業を遅らせました。

③ 複式簿記の考え方

青色申告65万円控除を受けるには複式簿記での記帳が必要です。「借方・貸方」という概念が最初は全く直感的でなく、入金があったときに「売掛金が消えて普通預金が増える」という仕訳の流れを理解するのに1週間ほどかかりました。やよいの青色申告オンラインが自動で仕訳を提案してくれる機能があったおかげで、なんとか乗り切れました。

20万円の誤算が生まれた原因

1年目の確定申告後、約20万円の予想外支払いが発生しました。原因は大きく2つです。

1つ目は、毎月の収支計算から税金分を引いていなかったことです。収入が入るたびに「今月はこれだけ稼いだ」と記録していましたが、そこから税金分を除いた手取りを計算していませんでした。結果として、年間で払う所得税・住民税・国民健康保険料を合算すると、想定より約20万円多かった。

2つ目は、住民税の支払い時期を把握していなかったことです。前述のとおり、住民税は前年収入をもとに翌年6月に請求されます。会社員時代の収入が高かったため、独立1年目の6月に想定より大きな住民税の請求が来ました。貯金で乗り越えられましたが、「毎月の収入から先に税金分を確保する」という習慣がなければ、本当に危なかったと思います。

独立1年目に知っておくべき税金の落とし穴
  • 住民税は翌年6月に前年分が一括請求される:独立直後に会社員時代の分が来ることがある
  • 国民健康保険料は前年所得で計算される:会社員時代の年収が高いと1年目の保険料も高い
  • 所得税の予定納税:前年税額が15万円以上だと、当年分を7月・11月に先払いする制度がある
  • 住宅ローン控除はフリーランスでも毎年確定申告が必要:年末調整では処理できない

2年目から実践している「税金を予測して先に積む」習慣

1年目の失敗から学んで、2年目以降は収入が入るたびに税金分を別口座に移す習慣を作りました。目安は収入の25〜30%です。この割合は所得税・住民税・国民健康保険料・国民年金を合算した概算です。

具体的には、毎月の売上が入金されたら即日で税金用口座に一定額を移します。「なんとなく残っているお金」から払うのではなく、「最初から税金分は別管理」にすることで、確定申告の時期に焦らなくなりました。この習慣を作るだけで、毎年の確定申告後の精神的なストレスが大幅に減ります。

もう一つ変えたのが、節税対策をきちんと調べるようになったことです。ふるさと納税を上限まで活用するようになり、経費として計上できるものを漏らさず記録するようにしました。通信費・技術書・資格受験料・利用ソフトウェアの費用など、フリーランスエンジニアは経費にできる項目が意外と多いです。

やよいの青色申告オンラインを使ってみた感想

私は開業直後から青色申告を選択しています。白色申告より手続きが多いですが、最大65万円の特別控除があるため、手間を考えても青色申告の方が圧倒的にお得です。

会計ソフトはやよいの青色申告オンラインを使っています。選んだ理由は、シンプルに「検索して最初に出てきた」からです。使ってみた感想としては、仕訳の自動提案機能がかなり助かりました。銀行口座やクレジットカードと連携すると、取引を自動で取り込んで勘定科目の候補を提示してくれます。複式簿記の知識がなくても、提案に従いながら入力を進められました。

デメリットとしては、年間費用がかかることです。無料期間終了後は有料プランへの移行が必要ですが、65万円控除の節税効果と比べれば費用対効果は十分あります。会計ソフトへの投資は、確定申告の時間コストを大幅に下げる最もコスパの良い出費です。

まとめ:確定申告の怖さは「知らないこと」にある

独立前に確定申告の勉強をほとんどしなかったことが、1年目の20万円の誤算につながりました。税金の仕組みは複雑ですが、「住民税は翌年に来る」「国民健康保険は全額自己負担」「毎月収入の25〜30%を税金用に確保する」この3点を知っているだけで、大半のトラブルは防げます。

確定申告で詰まっている方・これから独立を検討している方は、ぜひ今のうちに税金の仕組みだけでも把握しておいてください。準備した人とそうでない人の差は、独立して初めての確定申告で如実に出ます。

フリーランスエンジニアの税金とNISAを組み合わせた資産戦略

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SEねぐ

SE歴8年のフリーランスエンジニア。

本業の単価アップ → 副業 → NISA投資で資産形成中。
旧NISAから約5年間投資を継続し、
累計投資320万円 → 評価額480万円を運用中。(2026/5/1時点)

このブログでは、
 「エンジニアの収入を伸ばす方法」
「副業・ホームページ制作」
「NISA・資産形成」
などを実体験ベースで発信しています。

【保有資格】
・ORACLE MASTER Silver DBA 2019
・ORACLE MASTER Gold DBA 2019
・Python3エンジニア認定基礎試験
・AWS CLF
・AWS SAA
・AWS SOA

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